Marie-Cécile Zinsou est Présidente de la Fondation Zinsou, créée au Bénin en 2005, qui a ouvert le premier musée d’Art contemporain du continent africain ainsi qu’un réseau gratuit de bibliothèques pour faciliter l’accès à la lecture publique.
Elle est également membre du conseil d’administration de l’Établissement Public du Château de Versailles et expert auprès des fondations Chirac et Culture & Diversité, notamment pour le prix Culture pour la Paix. Elle fait partie des Global Museum Leaders du Metropolitan Museum.